Sogoru Kyo est un lycéen de la ville de Maihama. Il mène une vie typique des garçons de son âge, allant au lycée, ayant des histoires d’amour et une passion pour la natation. Sa vie change le jour où il voit une fille à la piscine, Misaki Shizuno, et découvre qu’il est (au début) le seul à pouvoir la voir. Il est introduit dans un monde où il lutte contre des robots géants dans un monde ressemblant à un jeu. Il commence à se rendre compte que le monde dans lequel il vit n’est peut-être pas le vrai.